Trung tâm Mục vụ Tổng giáo phận Sài Gòn ngày nay chính là Chủng viện Sài Gòn do Cha Wibaux thuộc Hội Thừa sai Paris xây cất theo lệnh của Đức Giám mục Dominique Lefèbvre vào năm 1863. Sau 3 năm xây dựng, năm 1866, Đức Giám mục Jean Claude Mich chủ sự lễ khánh thành và cho khai giảng chính thức với khoảng 60 chủng sinh.
Hướng đến tương lai của Tổng Giáo phận, Đức Hồng Y Gioan Baotixita Phạm Minh Mẫn đã quyết định dùng cơ sở này làm Trung Tâm Mục Vụ, nhằm mục đích đào tạo đội ngũ giáo dân trưởng thành. Nhờ đó, họ cộng tác hữu hiệu với các vị mục tử trong sinh hoạt tại giáo xứ cũng như giáo phận; đồng thời, họ tham gia tích cực hơn vào sứ mạng yêu thương và phục vụ của Hội Thánh. Đức Hồng Y đã chọn Linh mục Phêrô Nguyễn Văn Khảm làm Giám đốc Trung tâm này.
Tháng 10 năm 2004, trung tâm được gọi là Trung tâm Văn hóa Công giáo sau đó đổi tên thành Trung Tâm Mục Vụ. Công việc đầu tiên là sửa lại trung tâm cho phù hợp với nhu cầu đào tạo cũng như tổ chức các sinh họat cấp giáo phận tại đây.Vì thế, nhà nguyện, giảng đường, thư viện, các lớp học, thư quán, căng-tin lần lượt được hình thành.
Ngay cuối năm đó, mặc dầu việc sửa chữa còn nhiều bề bộn, Trung Tâm đã tổ chức thành công đêm nhạc Giáng Sinh 2004 đầu tiên. Đêm nhạc mừng Chúa Giáng Sinh đã trở thành truyền thống hằng năm cho đến nay.
Từ năm 2005, các lớp Thánh Kinh, Giáo lý bắt đầu được mở ra với sự tham dự tích cực của đông đảo anh chị em giáo dân. Cũng tại Trung Tâm này, Liên tu sĩ thành phố mở các lớp thần học cho các nữ tu.
Các lớp học ngày càng được tổ chức chu đáo hơn, nhất là khi có nhiều linh mục về làm việc tại Trung Tâm Mục Vụ Sài Gòn.
Việt Khoa Thiết kế và cung cấp hệ thống bếp ăn công nghiệp và hệ thống máy rửa chén.